le isole per secoli furono soprattutto un luogo di confino. In epoca romana le isole erano note con nome Trimerus che deriverebbe dal greco trimeros, τρίμερος ossia "tre posti" o "tre isole". L'imperatore Augusto vi relegò la nipote Giulia che vi morì dopo vent'anni di soggiorno forzato. Nel 780 Carlo Magno vi esiliò Paolo Diacono che, però, riuscì a fuggire.

La storia dell'arcipelago non è però solo legata agli esiliati, più o meno illustri, che qui furono confinati, ma soprattutto alle vicende storiche, politiche ed economiche dell'abbazia di Santa Maria a Mare (definita da Émile Bertaux la Montecassino in mezzo al mare

Secondo il Chartularium Tremitense il primo centro religioso fu edificato nel territorio delle isole adriatiche nel IX secolo ad opera dei benedettini come dipendenza diretta dell'abbazia di Montecassino. Certo è che nell'XI secolo il complesso abbaziale raggiunse il massimo splendore, aumentando a dismisura possedimenti e ricchezze, cosa che portò alla riedificazione da parte dell'abate Alderico della chiesa con consacrazione

 

nel 1045 effettuata dal vescovo di Dragonara.

La magnificenza di questo periodo è testimoniata dalla presenza tra le mura del monastero di ospiti illustri, tra i quali Federico di Lorena (divenuto poi papa Stefano IX) e Dauferio Epifani (successivamente papa Vittore III). Con la bolla di Alessandro IV del 22 aprile 1256 venne confermata la consistenza dei beni posseduti dalla comunità monastica. L'intero complesso rimase un possedimento dell'abbazia di Montecassino per circa un secolo, nonostante le pressanti richieste di autonomia e le proteste dei religiosi tremitesi.

Nel XIII secolo, oramai svincolata dal monastero cassinese, aveva possedimenti in terraferma dal Biferno fino alla città di Trani. Secondo le cronache dell'epoca le tensioni mai sopite con il monastero laziale e i frequenti contatti con i dalmati, invisi alla Santa Sede, portarono i monaci del complesso a una decadenza morale che spinse nel 1237 il cardinale Raniero da Viterbo ad incaricare l'allora vescovo di Termoli di sostituire alla guida dell'abbazia l'ordine di San Benedetto con i Cistercensi.

In seguito, Carlo I d'Angiò munì il complesso abbaziale di opere di fortificazione. Nel 1334 l'abbazia fu depredata dal corsaro dalmata Almogavaro e dalla sua flotta, proveniente dalla città dalmata di Almissa, i quali trucidarono i monaci mettendo fine alla presenza cistercense nell'arcipelago.

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Nel 1412, in seguito a pressioni e lettere apostoliche, e su diretto ordine di papa Gregorio XII, dopo il rifiuto di diversi ordini religiosi, una piccola comunità di canonici regolari, proveniente dalla canonica di Santa Maria di Frigionaia in Lucca e guidata da Leone da Carrara si trasferì sull'isola per ripopolare l'antico centro religioso. I Lateranensi restaurarono il complesso abbaziale, ampliandone inoltre le costruzioni, soprattutto con la realizzazione di numerose cisterne ancora oggi funzionanti ed estesero i possedimenti dell'abbazia sul Gargano, in Terra di Bari, Molise e Abruzzo.

Nel 1567 l'abbazia-fortezza di San Nicola riuscì a resistere agli attacchi della flotta di Solimano il Magnifico.

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L'abbazia fu soppressa nel 1783 da re Ferdinando IV di Napoli che nello stesso anno istituì sull'arcipelago una colonia penale. Nel periodo napoleonico l'arcipelago fu occupato dai murattiani che si trincerarono all'interno della fortezza di San Nicola resistendo validamente agli assalti di una flotta inglese (anno 1809). Di questi attacchi sono visibili ancora oggi i buchi delle palle di cannone inglesi sulla facciata dell'abbazia. In seguito a tale evento, Murat concesse la grazia ai deportati che avevano collaborato alla resistenza contro gli inglesi. Fu così che ebbe fine la prima colonizzazione delle Tremiti, effettuata mediante l'insediamento di colonie penali.

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Nel 1843 re Ferdinando II delle Due Sicilie con l'intento di ripopolare le isole vi fece insediare molti pescatori provenienti da Ischia che poterono così sfruttare proficuamente la pescosità di quell'area marittima e da famiglie del regno dando luogo così a una seconda colonizzazione delle Tremiti.

 

Campo concentramento delle isole Tremiti, prigionieri arabi

Nel 1911 furono confinati alle Tremiti circa milletrecento libici che si opponevano all'occupazione coloniale italiana.[11] A distanza di un anno circa, un terzo di questi erano morti di tifo esantematico.

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L'autonomia comunale risale al 1932.

In epoca fascista l'arcipelago continuò a essere luogo di confino, ospitando tra l'altro anche il futuro Presidente della repubblica, Sandro Pertini e Amerigo Dumini.

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Mussolini fece deportare centinaia di omosessuali a San Domino, nel 1938. Nessuna legge proibiva l'omosessualità all'epoca, ma Mussolini voleva nascondere l'esistenza stessa degli omosessuali, sostenendo che "In Italia ci sono solo uomini veri". Le condizioni sull'isola erano molto difficili e alcuni morirono. San Domino aveva la particolarità di essere l'unico campo di internamento in cui tutti i prigionieri erano uomini gay, paradossalmente formando una "comunità" gay I dormitori erano spartani, senza elettricità o acqua corrente. Una campana suonava alle 8 di sera ogni giorno, segnalando che non era più permesso di stare fuori.Il confino terminò il 28 maggio 1940, per volontà del capo della polizia Bocchini, in accordo con il duce: l’Italia era in guerra e servivano uomini e spazi di detenzione. Il 7 giugno i confinati lasciarono l’isola e, a sorpresa, molti di loro ne furono rammaricati, dato che gli aspettava il ritorno a casa dove, seppur liberi, non potevano essere sé stessi per via dell'omofobia dilagante.

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Nell'autunno 1940, San Domino fu trasformato in un campo di internamento dove vennero reclusi politici anti-regime ed ebrei.

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Nel 1987 Mu'ammar Gheddafi, in virtù delle deportazioni di cittadini libici effettuate soprattutto dal governo Giolitti a partire dal 1911, dichiarò che l'arcipelago era parte della Libia. Tali pretese territoriali seguivano la tensione diplomatica che sussisteva con l'Italia.

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Nella notte fra il 7 e l'8 novembre 1987 due cittadini svizzeri, Jean Nater e Samuel Wampfler, misero una bomba sul faro di San Domino. Il primo rimase ucciso nell'attentato, il secondo fu catturato e condannato. Sulle prime si pensò a un attentato libico, ma successive ipotesi giornalistiche suggerirono che i due attentatori, agenti segreti, collaborassero con i servizi francesi, nazione con la quale l'Italia aveva all'epoca una controversia diplomatica per la successione ad Habib Bourghiba in Tunisia. Tuttavia il processo al secondo attentatore, chiusosi nel 1990 con la condanna a dieci anni di reclusione (mai scontata), non condusse a nessuna certezza.

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Il 28 ottobre 2008 una trentina di abitanti delle isole si sottoposero, volontariamente, all'esame del DNA allo scopo di stabilire se nel loro sangue vi fosse traccia di quei deportati libici del 1911. Il risultato fu negativo.